隐含马尔可夫模型（HMM）通过构建一个系统可能出现的有限状态序列，运用统计方法来描述各状态间转移的概率，以此来刻画复杂的系统。该模型主要用于根据外部观测量预测事件的未知（隐含）状态序列。例如，在语音识别系统中，HMM方法能够通过麦克风捕获的声学信息这一观测量，推测出说话者所表达的内容（可视为系统的未知状态序列）。隐含马尔可夫模型自上世纪80年代早期即已被应用于商业语音识别系统，并至今被普遍视为实现快速且精准语音识别的有效手段。
以下是一些基本概念的摘录：
一、关于马尔可夫链的基本概念
1、马尔可夫性－无后效性，指的是在已知系统当前状态的情况下，系统未来的演变与过去的状态无关。其数学表达为：对于一个随机过程{X(t), t∈T}，如果其状态空间S为可数集，则(n+1)状态仅依赖于n状态，而与先前状态无关。
2、马尔可夫过程与马尔可夫链
当马尔可夫过程的状态空间S为连续区间时，称之为马尔可夫过程；而当其状态空间为离散可列集时，称之为马尔可夫链。本研究中使用显然属于马尔可夫链。
3、马尔可夫链的转移概率及转移矩阵被称为从α步向β步转移的概率。
4、齐次性（与具体时间无关性）
对于任意的m、n均成立。
二、隐马尔可夫模型假设（HMM）
对于一个随机事件，其观察值序列为：O1, …, Ot，隐含着一个状态序列：X1, …, Xt。
假设1：马尔可夫假设（状态构成一阶马尔可夫链）
P(Xi|Xi-1, …, X1) = P(Xi|Xi-1)
假设2：不动性假设（状态与具体时间无关）
P(Xi+1|Xi) = P(Xj+1|Xj)，对任意i,j均成立。
假设3：输出独立性假设（输出仅与当前状态相关）
P(O1, …, Ot | X1, …, Xt) = Π P(Ot | Xt)
在基因识别模型中，观察值序列显然对应于DNA序列（或蛋白质序列），而状态序列则表示基因的功能区段（或蛋白质中相似结构域的片段）。假设1与假设2分别定义了基因功能序列的马尔可夫性及与初始状态的无关性，假设3则表明特定基因功能区对应的DNA序列仅与其功能区域有关。这些假设在基因模型中的适用性尚需进一步检验，但从现有知识与应用成果来看，均显得合理。
三、隐马尔可夫模型的定义
隐马尔可夫模型由五个参数组成：(Ωx，Ωo，A，B，π)
其中：
ΩX = {q1,…,qN}：状态的有限集合
ΩO = {v1,…,vM}：观察值的有限集合
A = {aij}，aij = P(Xt+1 = qj | Xt = qi)：转移概率
B = {bik}，bik = P(Ot = vk | Xt = qi)：输出概率
π = {πi}，πi = P(X1 = qi)：初始状态分布
有了这些参数，可以构建出完整的模型以解决实际问题，但在此之前，需回答三个基本问题，这几乎是每一本关于隐马尔可夫模型的书籍中都会提及的。
1、可能性评估问题（likelihood question）
在给定模型的情况下，如何评估某观察值序列与该模型的匹配程度，即该观察值序列在多大程度上符合给定的模型。
2、解码问题（decoding question）
在特定模型及观察值序列下，求得可能性最大的状态序列。
3、学习问题（learning question）
针对特定观察值序列，如何根据此序列调整参数{A，B，π}以获得合理模型。
四、隐马尔可夫模型的算法
1、基本算法
包括向前算法、向后算法以及维特比算法（Viterbi algorithm）。
2、学习算法
包括期望最大化算法（EM algorithm）、梯度下降法（gradient descent）以及维特比学习（Viterbi learning）。
五、隐马尔可夫模型的应用
1. 多重比对（multiple alignments）
2. 数据库挖掘与序列及片段的分类（database mining and classification of sequence and fragments）
3. 结构分析与模式发现（structural analysis and pattern discovery）
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